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技術(shù)服務(wù)

真菌基因組重測序

技術(shù)簡介

真菌基因組重測序是對已知的真菌基因組進(jìn)行測序，并對個體或者群體樣品進(jìn)行分析，能夠分析近源菌種之間的單核苷酸多態(tài)性 (SNPs) 、插入 (Insertion) 、缺失 (Deletion) 、拷貝數(shù)變異 (CNV) 等基因組變異類型。主要應(yīng)用于通過比較基因組分析挖掘動植物病原真菌的關(guān)鍵致病因子、挖掘食用及藥用真菌主要功能基因、通過大樣本量的群體分析可得出物種進(jìn)化規(guī)律、地理分布規(guī)律等。

技術(shù)路線

送樣建議

濃度 (Qubit)	體積	總量	基因組完整性
≥50 ng/μL	≥30 μL	≥1.5 μg	DNA無降解

技術(shù)參數(shù)

真菌基因組測序	測序策略	數(shù)據(jù)量	周期
真菌基因組測序	300bp小片段文庫HiSeq/NovaSeq PE150	30X	45個自然日

案例分析

基因組重測序技術(shù)揭示木質(zhì)腐生蘑菇遺傳多樣性^[1]

研究背景

不同物種數(shù)量變化在于它們擁有的大量的遺傳多樣性。在真核細(xì)菌中普遍存在核酸多樣性以及核酸結(jié)構(gòu)不同的現(xiàn)象。以裂褶菌為例探索核酸多樣性。

研究目的

通過全基因組測序技術(shù)研究裂褶菌核酸多樣性特征。

研究結(jié)果

比較分析 24 個裂褶菌單倍體基因型 (12 來自美國，12 來自歐洲的俄羅斯)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)在美國同義位點的多樣性為 0.13，在俄羅斯的同義位點的多樣性是 0.20，異常高的核苷酸多樣性水平，也導(dǎo)致蛋白氨基酸水平的多樣性。利用 2 個母本和 17 個后代單倍體基因型的全基因組測序顯示突變率是非常高的，達(dá)到了每代每個堿基的突變率為 2.0×10-8 。高的多樣性是由其突變率升高引起的。

圖1. 裂褶菌基因多態(tài)性類型

參考文獻(xiàn)

[1]. Baranova, M. A. et al. Extraordinary Genetic Diversity in a Wood Decay Mushroom. Mol Biol Evol 32, 2775-2783, doi:10.1093/molbev/msv153 (2015).